1 июля 1917 года решением центральной власти Российской Империи — постановлением Временного Правительства — в составе Императорского Томского Университета был образован Физико-математический факультет. Факультет является одним из четырех факультетов в структуре университета, перечисленных еще в Указе Императора от 16 (28 н.с.) мая 1878 года. С этого момента берёт начало базовое высшее образование физико-математического профиля в Русской Азии (Урал, Сибирь и Дальний Восток).

Первый выпуск состоялся в 1921 году, и в его составе было всего 7 человек.

В 1948 году факультет был разделен на механико-математический и физический.

В 1953 году вырос из кафедры Радиофизический факультет.

В 1962 году появился Физико-технический факультет, который отпраздновал вместе со всеми юбилей — 55 лет.

В 1970 году создан Факультет прикладной математики и кибернетики.

В 1992 году образовался самый юный Факультет информатики.